格莱思自动化正在创造从根本上改变工程生物学的设计自动化工作流程。图片由格网自动化提供
约翰累赘
彼得Bickerton“在COVID之前，如果我说我们需要复制或扩大规模，人们会问，为什么?Doug Densmore说格自动化和阿西莫夫．“现在，人们明白了。”
结果呢?这是一场生物技术的自动化革命，廉价的计算机技术与可大规模复制的合成生物学相结合，催生出一个有潜力超越任何之前的产业。机会诱人，前景诱人。
万亿美元扩大
“我们在大生物学领域吸纳租户;抽象、模块化、标准、组成;Densmore说。他相信，无论谁能够真正拥抱计算合成生物学的潜力，都将获得巨大的回报。“我们正试图为生物学制造一个核心引擎，以建立一个通用软件的基础。
“标准就是这样形成的。如果每个人都让它兼容，这就是事物开始连接的方式。”
Densmore将生物学的现状比作硅芯片设计集成电路的摩尔定律——DNA测序和合成的成本正在迅速下降，而自动化过程的平台继续增加，并在效率、重现性和可承受性方面有所提高。他说，这为负责任的修修补补提供了肥沃的土壤和巨大的机会。
“我说的是工程游戏。如果我把这两部分放在一起呢?哦，就像乐高玩具一样。当你玩够了，负责任地——关键是，我们需要以安全和道德的方式做这件事——然后你写下规则。”Densmore建议。“人们的思维方式将发生有趣的变化。”
“在合成生物学中，你很少听到，除了，”我来模拟一下这个系统’我认为这是其中的一部分，但我们如何推进设计呢?”他的挑战。“我认为还没有人发现这一点，但我认为这可能非常强大。”
工程的发挥
在Densmore的实验室，单个细胞的大小和毒性的限制意味着工程基因电路和蛋白质的发挥是有限的，而微流体是他在合成生物学未来发展的愿望清单上的重点。
“我们已经研究了如何分割电路，使它们更小，并将它们放入多个细胞中，进行细胞内通信，”他告诉我，他在思考这可能如何工作。“我们想要做到这一点的方法是，将该社区的细胞放入我们也制造的微流体中。”
回想起他的电气工程背景，Densmore设想有一天，就像你今天订购PCB一样，你可以得到微流体的按需制造电路。“这就像生物学的一块面包板。如果你能描述你想要复制的环境设置，然后得到一个实现这一点的芯片，那就太棒了。”
晶格研究自动化
Densmore也是波士顿大学电气与计算机工程副教授，他的研究方向有两个:学术和工业。他告诉我:“在合成生物学的计算方面，学术研究的商业化有一席之地。”“我们把想法当作软件来商业化。”
在2007麻省理工学院(MIT)教授克里斯·福格特(Chris Voigt)在介绍合成生物学时曾抱怨该行业缺乏软件工具，受此启发，Densmore决心构建所需的计算基础设施。然而，当这些业务在学术界还没有相当大的规模时，他在2013年创建了Lattice Automation。
“这意味着它是法拉利，而不是福特，”他解释Lattice的技术，这是对每个用例进行微调。“我们确实是做定制软件的，我们并不是要为每个人做点什么。如果你有了一个想法，我们会用一些工具帮助你实现。”
但是，尽管学术研究已经融入了Lattice Automation的DNA, Densmore发现它的行业已经真正掌握了基于平台的设计的好处。
“现在，人们在标准和协议方面说的越来越多，肯定比十年前多，但我没有看到学术界有多少变化。他若有所思地说。“行业正在做得更好。”
COVID是构建生物学的催化剂
Densmore指出Ginkgo Bioworks和Twist Bioscience就是很好的例子。“银杏对他们试图使过程自动化，使生物学成为自动化学科的方式毫无歉意。《Twist》也持有类似的观点，即关于如何以铸造的方式创造内容。”
我已经写过关于这些公司如何利用他们的可塑和可扩展平台转向COVID-19大流行,显示合成生物学的通用性和力量Densmore认为，这种快速反应的能力是人们看待自动化和标准化所需要的催化剂。
“在COVID之前，没有人理解紧急的概念。新冠肺炎确实表明，有时我们需要在繁殖和规模生物学方面非常迅速，”他说。“我认为在COVID之后，我们将有更多的弹药来讨论这个问题，因为现在每个人都感染了。我们如何让自己成为一个生物基础设施?”
合成生物学的未来
虽然这些技术进步对Densmore来说很重要，但在未来几年里，增加行业内部的多样性也至关重要，这是他所缺乏的，尤其是在CEO层面。就像他的计算创新和抱负旨在扩大合成生物学的应用一样，他认为这是一个“民主化的领域”。
“我认为合成生物学可以帮助科学变得更加多样化。要说过去十年的变化，这可能是最慢的。”“我认为这是一个可以吸引人的地区。它足够新颖，足够令人兴奋，可能会让学生感到兴奋，这将改变这个领域的面貌。”
我是SynBioBeta的创始人，我写vwin彩票注册过的一些公司是SynBioBeta会议的赞助商每周消化．谢谢你彼得Bickerton参阅本文中的其他研究和报告。
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