我们已经读过DNA数据存储即将走红.在20vwin彩票注册19年SynBioBeta大会上,这一点在该领域领导人的小组讨论后变得更加明确,该领域的领导人预测,如果投资得当,在DNA中存储信息的成本可能在短短5年内降至每tb 100美元。尽管自动化DNA读取/写入过程仍然存在挑战,但专家们越来越倾向于将DNA作为一种长期的信息存储解决方案,特别是用于归档具有文化意义的数据。
在DNA中存储数据
Kern Systems联合创始人亨利•李(Henry Lee)表示:“我们每天的很多互动都陷入了数据传输的困境。”
从猫的表情包到卫星照片,我们在全球产生的数据量呈指数级增长。存储这些数据的技术并没有进步得那么快。幸运的是,大自然已经进化出了自己优雅的信息存储解决方案:DNA。
DNA将制造人类或植物所需的所有信息储存在一个极其微小的包装中。一小群科学家正在努力复制这种存储策略,以保存数字数据。
微软首席研究经理卡琳·施特劳斯(Karin Strauss)表示:“这一切都是基于将比特转换为基数。”每两个比特的信息转化成四个DNA核苷酸中的一个。一旦序列在软件中绘制出来,DNA就被合成了
DNA存储方程的另一半是通过测序恢复比特(或读取DNA)。
“既然我们知道如何读取DNA,我们就总能读取它,所以这是一种永远相关的数据存储方式,”Strauss说。
接受和纠正错误
DNA合成和DNA测序技术并不是为书写和阅读数字信息而设计的。Twist Bioscience的首席技术官比尔·派克(Bill Peck)说,制造完美的DNA已经投入了大量的精力。但我们或许可以用好的软件来解决充满错误的序列。
“本质上,当我们在制造DNA时,我们实际上是在同时制造数百万个相同的分子,”李说。在数据存储系统中,可以将其用作冗余。数据科学家利用算法对数字媒体存储设备(如DVD)中的冗余进行编码。这种冗余可以用来纠正错误。
施特劳斯说:“我们非常能够容忍DNA中的错误,我们愿意为了其他好处而放弃某些质量。”计算机科学的美妙之处在于,我们仍然可以一点一点地恢复数据。
剩余的挑战
到目前为止,这个过程并不便宜。
当DNA合成时,它本质上是“打印”到硅芯片上,而硅是昂贵的。佩克说,Twist正在推动在单个芯片上可以打印多少DNA的极限,但这种创新也很昂贵。小组成员几乎一致认为,要使基于dna的数据存储成为现实,需要大量投资。
写-存储-读工作流中涉及的另一个重要成本是劳动力。
施特劳斯说:“现在有些作家和读者是完全自动化的,但整个过程不是自动化的。”从DNA合成到测序之间的一切,比如准备测序库,仍然是手工完成的。液体处理机器人可以提供帮助,但Strauss的团队正试图找到更经济实惠的自动化方法,这样整个过程就可以扩展。
Kern Systems和Molecular Assemblies正在努力通过创新制造工艺使合成更具可扩展性。他们专注于以酶为基础的合成,这是对我们过去30年来一直使用的以化学为基础的方法的范式的改变。
投资也是一个问题。
“我们正试图发明一种墨水来驱动打印机书写DNA,”Molecular Assemblies的联合创始人比尔•埃夫卡维奇(Bill Efcavitch)说,“但我们需要合作伙伴来大规模设计这些酶。”
早期采用者
虽然需要加大投资,以实现dna数据存储的规模化,但李预测,人们将在未来2-3年内开始使用这项技术。
Efcavitch说,政府机构可能是早期客户,因为他们需要长时间存储大量数据。
派克和施特劳斯一致认为,这项技术的首次使用很可能是存档。Peck说:“研究如何储存像音乐这样具有文化意义的信息有很多内在价值。”
接下来,李希望看到更多的人掌握这项技术。“我们感兴趣的是如何将其小型化,”他说。如果这项技术不被孤立,他预计生物黑客将帮助开发更多的应用程序。
未来的创新
从根本上说,在DNA中存储数字信息是一个非常简单的想法。当你开始想象这种技术在现实世界中的应用时,情况就变得复杂多了。
例如,当涉及到实际检索存储在DNA中的信息时,您可能不希望对整个文库进行排序。我们需要开发相当于数字搜索功能的DNA。Strauss的团队正在利用机器学习来开发分子内的搜索能力。
现在,重点是冷数据——不需要经常访问的数据。Strauss说:“直到最近,DNA测序仪都是基于批处理过程。”但是像Oxford Nanopore这样的新测序技术更加实时。实时排序是“热数据存储”方向的一步,但我们仍有很长的路要走。
“数字存储世界是如此的新,我们真的不知道5年后会是什么样子,”Peck说。具有讽刺意味的是,数字存储也是相对较新的东西,但现在,只有数字化的东西才被认为是存档的,所以这项技术的发展速度可能比我们想象的要快。
谈到热存储——闪存驱动器提供的一种即时、按需存取数据的方式——“让事情发生的最好方法是告诉一群科学家和工程师,这是不可能的,”Peck说。“所以,这是不可能的……”
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